Struktur organisasi Disdukcapil Boven Digoel terdiri dari unsur pimpinan, sekretariat, bidang pendaftaran penduduk, bidang pencatatan sipil, pengelolaan informasi administrasi kependudukan, serta unit pelaksana sesuai kebutuhan daerah.
Informasi rinci nama pejabat dan bagan struktur dapat diperbarui melalui panel admin setelah dokumen organisasi terbaru ditetapkan.